בן גוריון אהב לנהל בכתב ויכוחים תאולוגיים ארוכים עם רבנים או עם שומרי מצוות יודעי ספר. הוא לא ראה בעצמו אתאיסט: “לי ברור“, כתב לאחד מבני שיחו,
שאין העולם פרי התרחשות מקרית ועיוורת (אם כי איני יכול להוכיח זאת), וכי יש סדר ומשטר (“קוסמוס”) בעולם, – ואולי גם כיוון ומטרה, אבל כל זה הוא בגדר התהייה האינטלקטואלית של האדם המכיר מיעוט ידיעתו ותחומי הידיעה האנושית, אבל אין זה מזון לנשמה או מדריך לפעולה ולהתנהגות האדם.
הוא סבר שהתנ”ך הוא היצירה היהודית הגדולה ביותר, אך שגם היא אינה מפענחת את סוד האלוהות: “מספר התנ”ך אני יודע מה חשבו אבותינו על הסוד הגדול הזה – יותר מזה איני יודע. הסוד עצמו נשאר סוד”.
הוא יצא שוב ושוב להגנתו של ברוך שפינוזה, שיהודים חרדים המשיכו להחרים. בעיקר נאבק בהשקפות המסתגרות של האולטרה-אורתודוקסים, שהתייחסו בשלילה לתרבות החילונית, העברית והכללית, והעלו כנגדה על נס את השיבה למקורות היהדות, כשכוונתם בעיקר לתלמוד ופוסקים. ואילו הוא הציג, כאמור, את התנ”ך כיצירה הגאונית של העם היהודי, הנושאת ערכים פרטיקולריים ואוניברסליים כאחד. אך התנ”ך אינו המקור הבלעדי לרוח האדם: “יש לנו הרבה, הרבה מאוד ללמוד מעמים אחרים”.
כשהתריס בר-שיחו כנגדו שהוא מתבטל בפני תרבות יוון ורומי ענה: “אין זו התבטלות […] כיהודי איני מרגיש כל פחיתות כבוד אם אני רואה שבקרב עם אחר יש גאון באחד המקצועות, שאין דומה לו אצלנו”.
הוא נשאר תלמיד נאמן של מיכה יוסף ברדיצ’בסקי, שביקש להיפתח לרוחות הפרצים של העולם הגדול, ולא של אחד העם, שנטה להסתגר בד’ אמות היהדות.
