את הביקורת החריפה ביותר על מעשיו של קסטנר בשואה השמיע שופט בית המשפט המחוזי בירושלים, ד"ר בנימין הלוי, בעת הקראת פסק הדין ב"משפט קסטנר" ב־1955. כפי שצוין לעיל, במשפט זה נגבו עדויות גם מפי ניצולים מקלוז', כך סיכם השופט הלוי:
א) יהודי הגטאות בהמוניהם עלו לרכבות הגירוש בצייתנות גמורה מתוך אי ידיעת המטרה האמיתית של הנסיעה ומתוך האמונה הכוזבת שהם מועברים למחנה עבודה בהונגריה (קנירמזו).
ב) הנאצים לא היו יכולים להטעות את המוני היהודים ביעילות כה רבה, לולי הפיצו את שמועות הכזב שלהם על ידי צינורות יהודיים […] יהודי הגטאות האמינו למנהיגיהם היהודים. מנהיגי הציבור בקלוז' השתתפו בחלקם באופן פעיל בהפצת ההודעה הרשמית ובחלקם ידעו שההודעה מופצת בשמם ולא מחו […] אף אחד מהמנהיגים לא הזהיר את הרבים מפני השמועה.
ג) בשל האמון במנהיגיהם, קורבנות הנאצים לא התנגדו ולא הפריעו לסדר הגירוש…
ד) ליהודים לא מעטים היתה הזדמנות להימלט […] ללא סכנה, אl בסמכם על ההודעות הכוזבות הנ"ל לא השתמשו בהזדמנויות שהיו בידם. הם לא ניסו לברוח מפני שלא ידעו את סכנת ההשמדה הנשקפת להם…
ה) אותם היהודים שהפיצו בגטאות קלוז' ונדוורד את שמועת קינירמזו או אישרוה, אותם ראשי הציבור שלא הזהירו את בני־קהילתם מפני השמועה הכוזבת, אותם המנהיגים שלא ארגנו כל התנגדות או הפרעה לגירוש ואותם חברי 'ועדת ההצלה' שהפסיקה את ארגון הבריחה מקלוז' לרומניה לא ליוו את בני קהילתם לאושוויץ, אלא נכללו רובם ככולם במשלוח ברגן־בלזן.
השופט הלוי טען שאין להשוות ידיעות מפי פליטים וצעירים חברי תנועות הנוער הציוניות לבין הודעה מפי הסמכות העליונה של "ועדת ההצלה". השופט הסיק שקסטנר "מכר את נשמתו לשטן" בכך ששיתף פעולה עם הנאצים, בניגוד לטובתם של יהודי הונגריה ולמען הסיכוי להציל כמה אלפי יהודים מיוחסים". מבין ההאשמות של גרינוולד, דחה השופט רק את הטענה שקסטנר היה שותף בגזל רכושם של יהודי הונגריה.
היועץ המשפטי לממשלה חיים כהן החליט לערער ב־1957 על החלטת בית המשפט המחוזי.
קסטנר נרצח בפתח ביתו בתל אביב, ב־3 במרץ 1957. ב־17 בינואר 1958 ביטל בית המשפט העליון של מדינת ישראל, בהרכב של חמישה שופטים, את החלטתו של השופט הלוי. ברוב של שלושה נגד שניים, טיהר בית המשפט את קסטנר מאשמת שיתוף פעולה עם הנאצים, רצח בעקיפין של יהדות הונגריה ושותפות גזל עם הנאצים. עם זאת, כל חמשת השופטים קבעו שקסטנר סייע בהצלת נאצים לאחר המלחמה. הם הסכימו פה אחד להשאיר את הקביעה, שקסטנר הציל באמצעות שקר, ביודעין, את קורט בכר, עוזרו של אייכמן, מהעונש שהיה צפוי לו במשפטי נירנברג.
בראש הרכב השופטים ישב נשיא בית המשפט העליון דאז, יצחק אולשן. בהרכב היו השופטים שמעון אגרנט, מישאל חשין, משה זילברג ודניאל גוטוין. השופט אגרנט כתב פסק דין מורחב, השופט חשין כתב פסק דין קצר יותר, ואולשן הצטרף לשני שופטים אלה, שזיכו את קסטנר. השופטים זילברג וגויטוין כתבו בדעת המיעוט
שהם מקבלים את פסיקתו של נשיא בית המשפט המחוזי, ד"ר הלוי, שהרשיע את קסטנר.
שופט בית המשפט העליון חשין הסכים בפסק דינו עם קו ההגנה, שלפיו קסטנר לא הזהיר את יהודי הונגריה מפני הסכנה הניצבת בפניהם מפני שלא חשב שתהיה בכך תועלת ומפני שחשב שכל מעשה שייעשה כתוצאה מן המידע שיימסר להם יזיק יותר מאשר לעומת זאת השופט זילברג, בדעת מיעוט, הגיע למסקנה דומה לזו שאליה הגיע השופט הלוי. הסתייגותו הדגישה שהצלחתם המזעזעת של הנאצים להשמיד את היהודים בקלות וללא התנגדות היתה "תוצאה ישירה של העלמת האמת הנוראה מן הקורבנות".
ניתן לתהות על שיקול דעתו של השופט חשין – כי הרי מה היה יכול לחולל אסון כבד יותר מאשר העובדה שמאות אלפי היהודים, רובם נשים, זקנים וילדים, הוסעו אל מותם בתאי הגזים ברכבות בקר, בצפיפות נוראה במשך ימים, ללא אוכל ושתייה וללא תנאים סניטריים אלמנטריים, וזאת אחרי שהושפלו על ידי נטילת כל מה שהיה להם, ובוזו כשהופשטו ושיער ראשם וגופם גולח בפרהסיה? ושוב עולה סוגיית היחס הפטרנליסטי של ההנהגה: כיצד סברו מנהיגי היהודים, חברי המועצות המקומיות וזו הארצית, וקסטנר בראשם – אלה שזכו לתעודות חסינות שהעניקו להם יתרונות מסוימים, ושרובם הצליחו להינצל – שהם יודעים טוב יותר מהמוני היהודים מה מועיל להם, עד כדי כך שבמכוון לא סיפרו להם דבר על הצפוי להם?
