כותרות העיתונים בעמודים הראשונים ב-19 במאי 1965 היו קשות: "אלי כהן הוצא להורג בדמשק"; "ישראל ביקשה ממעצמה ידידותית וממטה האו"ם לפעול למען החזרת גופתו של אלי כהן הי"ד לארץ"; "לא בגדתי בישראל, אמר אלי כהן".

לצד האבל הכבד ששרר במדינה בשל הוצאתו להורג של המרגל שנתפס בסוריה, התרחש אירוע שרק ממבט לאחור אפשר להבין את מידת חשיבותו: בבניין הישן של הטכניון בחיפה התכנסו הבכירים והפעילים של שתי המפלגות הגדולות באותם ימים, מפא"י ואחדות העבודה, ביניהם ראש הממשלה, לוי אשכול ורעייתו, שהנוכחים קיבלו בתשואות רמות. מטרתו של הכינוס הייתה – חתימה על מיזוג בין שתי המפלגות. את הכינוס פתחה אלמנתו של נשיא המדינה השני, רחל ינאית בן-צבי. אחרי שהכתה בפטיש של יושבת הראש פתחה ינאית בן-צבי ואמרה:

"המעמד הזה מעלה בזיכרוננו את המעמד ההיסטורי בהיווסד ההסתדרות לפני 45 שנים. באוזני עולים קולות אחינו הגדולים, בכירי ארץ ישראל העובדת, שהיו אז עמנו ואינם עוד. רוחם מלווה אותנו ומעודדת להסכם על המערך המשותף. אני מאמינה שקולם של ראשוני המייסדים של ההסתדרות חי בנו, מתחדש ומתגבר בתוכנו בנסיבות של ימינו אלה. גם אז שאפנו לאיחוד תנועת הפועלים. אנו מאמינים כי 'המערך' יביא לאיחוד שלם. באולם זה מתהדהדים עדיין צלילי שירת ברנר באותו לילה: 'מבירא עמיקתא לאיגרא רמא'."

ינאית בן-צבי קראה אל בן גוריון ואל טבנקין וביקשה מהם לשוב ולהצטרף אל המערך. "נתגבר על קטנות," אמרה, והודיעה כי "היום תצא משלחת למשה שרת כדי להחתימו על הפרוטוקול להקמת המערך," ואז קראה את "דבר המערך":

"במעלה דרכה ההיסטורית של תנועת הפועלים העברית, אשר זכתה להיות החלוץ והמדריך של העם, במאמצי היצירה החלוצית, במאבק המדיני, במערכות השחרור ובתקומת מדינת ישראל, בשנת ח"י למדינת ישראל היא שנת ה-45 לייסוד ההסתדרות, נועדים אנו היום, שליחי מפא"י ואחדות העבודה, כדי לייסד את 'המערך לאחדות פועלי ארץ ישראל".

ינאית בן-צבי התאלמנה מבעלה שנתיים לפני כן. הוא נפטר במהלך כהונתו כנשיאה השני של מדינת ישראל. רעייתו הייתה ידועה כאשת רוח ופעילת ציבור בפני עצמה. היא הייתה גם אם שכולה: בנם עלי נהרג ב-1948 בקרב קצר בשדות קיבוץ בית קשת. (תשעה ימים בלבד אחרי שנהרג היה עלי אמור לשאת לאישה את פנינה גרי. סרטו של דני וולמן, "סיפור אהבה ארץ ישראלי" מבוסס על ספרה של הארוסה).

העניין שהפגינה ינאית בן-צבי בפעילות ציבורית הביא לכך שבתחילת כהונתו של בעלה הנשיא, מצא לנכון ראש ממשלת ישראל, דוד בן גוריון, לנזוף בה קשות. זה קרה אחרי שבתום דבריו של הנשיא ביקשה ינאית בן-צבי "לומר כמה דברים מחוץ לטקס" שנערך בעיריית ירושלים. בנאומה דיברה על הקשר העז שיש לה עם ירושלים, הבטיחה לסייע לנשיא בעבודתו, וביקשה מהנוכחים לשתף "את האם העברייה בכול," שכן "היא הנותנת יסוד לבית," וכן הפצירה בהם שלא ישימו את הנשים "בצל", כדבריה.

המכתב שכתב לה בן גוריון מתחיל בהתנצלות: "קשה לי לכתוב את מה שאני כותב לך," פתח, והוסיף שעם זאת הוא נאלץ לעשות זאת, "בשליחות המדינה". אולי כדי להמתיק את הגלולה המרה המשיך והסביר לה שרעייתו, פולה, אינה שותפה לשליחותו כראש ממשלה, "כי יש רק ראש ממשלה אחד, והתפקיד אינו משפחתי". הוא המשיך וכתב לה כי אין לו ספק שכוונתה "טהורה וטובה", אבל, הדגיש – "את אזרחית ככל אזרחית". המסר היה ברור וחד משמעי: אל לה להצטרף כנואמת לצדו של הנשיא.

חרף הנזיפה ברור לגמרי שלא נאומה של רחל ינאית בן-צבי הטריד את בן גוריון בכנס הייסוד של המערך, שבו הוא עצמו לא השתתף. בן גוריון התנגד נחרצות להקמתו של המערך. עד כדי כך, שפרש ממפא"י, והקים מפלגה חדשה: רשימת פועלי ישראל, ובראשי תיבות – רפ"י. בן גוריון הטיף לשינוי שיטת הבחירות בישראל. בין היתר התנגד להקמת המערך כי לא היה לו ספק שהיא תסכל את הרעיון. (סיבה נוספת להתנגדותו הייתה כנראה החשש שמא המפלגה המאוחדת תאפשר לפנחס לבון לשוב אל קדמת הבמה. בן גוריון גרס כי פנחס לבון היה אחראי למה שכונה "הפרשה" או "עסק הביש": פעולת טרור במסווה, שסוכנים מטעם ישראל ביצעו במצרים).

יש מי שסבורים כי הפיצול בין בן גוריון למפא"י, במילים אחרות – היום שבו נוסד המערך – היה הסימן הראשון להיחלשותה של מפלגת השמאל, היחלשות שתביא בסופו של דבר למהפך של 1977 ולעלייתו של מנחם בגין לשלטון.

בבחירות להסתדרות באותה שנה, 1965, השתתפה לראשונה מפלגת גח"ל – גוש חירות-ליברלים – וזכתה ב-15% מהקולות. מזכ"ל ההסתדרות דאז תיאר זאת "התגבשות כוחות הימין נגד ההגמוניה הפועלית במדינה." בבחירות לכנסת השישית בסוף אותה שנה זכה גח"ל בראשותו של מנחם בגין ב-26 מנדטים (לעומת 15 מנדטים שהיו לה בכנסת החמישית). מאמר המערכת של עיתון "חירות" קבע כי הריב בין מפלגות הפועלים תרם לשינוי. אין כמובן סיבה אחת לעלייתו של הימין, אבל ב-19 במאי, 1965, נרשמה כנראה תחילתו של התהליך.